管理者有几个方法来限制污染物对玻璃钢冷却塔性能的影响。水处理方案可以帮助减少悬浮在水中的污染物，限制其形成规模的能力。这方案还可以帮助减少有机污染物的增长。  限制生物体的积聚，我们使用的水处理两种方法 - 在循环水中投入生物杀虫剂和紫外线杀毒。杀菌灭藻方案必须设计为塔式所在的特定环境下，并定期监测才是有效的。紫外线系统是在室内安装的，循环水暴露在紫外线光的中等水平下。光线不够密集，则无法破坏大多数生物体内DNA的物质，或阻止其繁殖。

玻璃钢冷却塔是水在其与流过的空气进行热交换、质交换，致使水温下降的一种装置，  阻碍冷却塔正常运行的一个常见问题是污染。无机固体如灰尘，泥土，沙子和淤泥是从大气中和塔供水引入塔的。这些固体堆积在塔盆底，侵蚀循环泵叶轮，堵塞喷嘴，并在传热面上形成大面积覆盖，造成难以清洗的局面。   而玻璃钢冷却塔的另一个常见的污染物是有机固体，如叶，草屑，花粉，藻类和细菌。与无机固体对比，有机固体虽倾向于集聚在塔盆表面，喷嘴和热传输的表面。但是，有机固体可对人员健康构成威胁。